| 1996 | Airs d’opéras francais | Natalie Dessay | | 1 |
| 1996 | Die Zauberflöte | Mozart; Mannion, Dessay, Blochwitz, Scharinger, Hagen, Les Arts Florissants, William Christie | | 2 |
| 1998 | Vocalises | Natalie Dessay, Berliner Sinfonie-Orchester, Michael Schønwandt | | 2 |
| 1998 | Lakmé | Delibes; Natalie Dessay, Gregory Kunde, José van Dam, Chœur & Orchestre du Capitole de Toulouse, Michel Plasson | | 1 |
| 1999 | Mitridate | Mozart; Cecilia Bartoli, Natalie Dessay, Giuseppe Sabbatini, Brian Asawa, Les Talens Lyriques, Christophe Rousset | | 1 |
| 1999 | Le Rossignol | Igor Stravinsky; Natalie Dessay, Orchestre de l’Opéra national de Paris, Chœurs de l’Opéra National de Paris, James Conlon | | 1 |
| 2000 | Mozart - Héroïnes | Mozart; Natalie Dessay, Orchestra of the Age of Enlightenment, Louis Langrée | | 1 |
| 2001 | Orphée aux enfers | Jacques Offenbach; Dessay, Naouri, Fouchécourt, Beuron, Podleś, Petibon, Smith, Gens, Steven Cole, Marc Minkowski | | 1 |
| 2002 | Lucie de Lammermoor | Gaetano Donizetti; Natalie Dessay, Roberto Alagna, Ludovic Tézier, Orchestre National de Lyon & Evelino Pidò | | 2 |
| 2003 | Airs d'opéras français | Natalie Dessay | | 1 |
| 2005 | Concert Arias | Mozart; Natalie Dessay, Theodor Guschlbauer, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 2005 | Delirio | Handel; Natalie Dessay, Emmanuelle Haïm, Le Concert d'Astrée | | 2 |
| 2006 | Mass in C | Mozart; Natalie Dessay, Véronique Gens, Topi Lehtipuu, Luca Pisaroni, Le Concert d'Astrée, Louis Langrée | | 1 |
| 2010 | Symphony no. 2 “Resurrection” | Mahler; Alice Coote, Natalie Dessay, Orfeón Donostiarra, Paavo Järvi, Frankfurt Radio Symphony Orchestra | | 1 |
| 2011 | Cleopatra: Arias from Giulio Cesare | Handel; Natalie Dessay, Le Concert d’Astrée, Emmanuelle Haïm | | 1 |
| 2011 | Ein deutsches Requiem | Johannes Brahms; Frankfurt Radio Symphony Orchestra, Swedish Radio Choir, Paavo Järvi, Natalie Dessay, Ludovic Tézier | | 1 |
| 2011 | Lakmé : Highlights | Delibes; Natalie Dessay, Gregory Kunde, José van Dam, Chœur & Orchestre du Capitole de Toulouse, Michel Plasson | | 1 |
| 2012 | Clair de lune | Debussy; Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 2 |
| 2013 | Entre elle et lui | Natalie Dessay sings Michel Legrand | | 2 |
| 2014 | Rio - Paris | Agnès Jaoui, Helena Noguerra, Liat Cohen & Natalie Dessay | | 2 |
| 2015 | Fiançailles pour rire | Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 1 |
| 2015 | Baroque | Natalie Dessay, Le Concert d’Astrée & Emmanuelle Haïm | | 1 |
| 2016 | Pictures of America | Natalie Dessay, Paris Mozart Orchestra, Claire Gibault | | 1 |
| 2017 | Lieder | Schubert; Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 4 |
| 2017 | Between Yesterday and Tomorrow (The Extraordinary Story of an Ordinary Woman) | Natalie Dessay ⋅ Michel Legrand | | 1 |
| 2019 | Natalie Dessay chante Nougaro | Natalie Dessay | | 1 |
| 2021 | Nathalie Dessay à l'opéra | Natalie Dessay | | 1 |
| 2021 | The Proust Album | Shani Diluka, Natalie Dessay, Pierre Fouchenneret, Guillaume Gallienne, Orchestre de chambre de Paris, Hervé Niquet | | 1 |
| 2022 | Mozart à l’opéra | Mozart; Philippe Cassard, Natalie Dessay, Cédric Pescia, Orchestre national de Bretagne | | 1 |
