| 2005 | Sonates pour viole & autres instruments | Christoph Schaffrath; Guido Balestracci, Amandine Beyer, Martin Zeller, Massimiliano Raschietti | | 1 |
| 2005 | Sonates pour violons & basse continue | Jean‐Féry Rebel; L’Assemblée des honnestes curieux, Amandine Beyer, Alba Roca, Baldomero Barciela, Ronaldo Lopes, Chiao-Pin Kuo | | 1 |
| 2005 | Chaconne | Bach, Brahms, Busoni, Lutz; Edna Stern, Amandine Beyer | | 2 |
| 2005 | Les suites pour théorbe | Robert de Visée; Pascal Monteilhet, Amélie Michel, Amandine Beyer, Marianne Muller | | 1 |
| 2005 | Sonates pour violon et pianoforte | Carl Philipp Emanuel Bach; Amandine Beyer, Edna Stern | | 3 |
| 2007 | Sonatas in Several Parts | Georg Friedrich Haendel; L’Assemblée des honnestes curieux, Amandine Beyer, Antoine Torunczyk, Alba Roca, Baldomero Barciela, Chia-pin Kuo | | 1 |
| 2008 | Les quatre saisons & Autres Concertos | Antonio Vivaldi; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 4 |
| 2008 | Concerti a violino certato — BWV 1041, 1042, 1052, 1056 | Johann Sebastian Bach; Gli Incogniti, Amandine Beyer | 4 | 1 |
| 2009 | False Consonances of Melancholy | Nicola Matteis; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 4 |
| 2010 | Beatus Vir? Motets & Sonates | Johann Rosenmüller; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2011 | Sonates & Partitas, BWV 1001-1006 | J.S. Bach; Amandine Beyer | | 4 |
| 2012 | Concerti Nuova Stagione | Vivaldi; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2013 | The Complete Concerti Grossi | Corelli; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2014 | Apothéoses & Autres Sonades | Monsieur Couperin; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2015 | Markuspassion | Reinhard Keiser; Ensemble Jacques Moderne, Gli Incogniti, Amandine Beyer, Jan Kobow, Thomas E. Bauer, Joël Suhubiette | | 1 |
| 2015 | Trio Sonatas | Antonio Caldara; Amandine Beyer, Leila Schayegh, Jonathan Pešek, Jörg-Andreas Bötticher, Matthias Spaeter | | 2 |
| 2015 | Teatro alla moda | Antonio Vivaldi; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 3 |
| 2016 | Un orage d’avril | Johann Pachelbel; Gli Incogniti, Amandine Beyer, Hans-Jörg Mammel | 3 | 2 |
| 2016 | Concerti per due violini | Antonio Vivaldi; Giuliano Carmignola, Amandine Beyer, Gli Incogniti | | 2 |
| 2017 | BWV… or not? | Johann Sebastian Bach; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2018 | Concerti per Esterházy | Joseph Haydn; Marco Ceccato, Amandine Beyer, Gli Incogniti | | 2 |
| 2021 | Complete String Symphonies | Carl Philipp Emanuel Bach; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2022 | Il Mondo al rovescio | Antonio Vivaldi; Gli Incogniti, Amandine Beyer | | 2 |
| 2023 | Mystery (Rosary) Sonatas | Heinrich Ignaz Franz von Biber; Amandine Beyer, Gli Incogniti | | 1 |
